Sim. Pois as horas dedicadas as atividades teóricas também integram a jornada do aprendiz, podendo ser descontadas as faltas que não forem justificadas ou autorizadas pelo empregador, inclusive com reflexos no recebimento de repouso semanal remunerado e nos eventuais feriados da semana.
Base legal: Art. 131, da CLT e Manual da Aprendizagem MTE 14/01/2014, pg. 30.